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Wangerooge kann als Naturschutzgebiet dreigeteilt  werden.  Es setzt sich aus Westgroden, Ostgroden und die sandige Ostspitze zusammen. West- und Ostgroden können weiterhin in Außen- und Innengroden unterteilt werden,  abhängig ob es sich vor oder hinter  dem  Deich befindet. In den Außengroden haben sich relativ seltene Pflanzen angesiedelt wie z. B. Strandflieder, Salzaster und Grasnelken.

Eine Fahrt mit der Inselbahn führt durch die Westaußengroden mit der Lagune, einem ausgedehnten und verzweigten Salzwasserseengebiet. Im Sommer zuckelt die Bahn durch große Flächen blühenden Standflieders. Dieses  ist nur durch eine Bahnfahrt zu erleben, da kein Fußweg durch die Außengroden führt. 

Das Seengebiet entstand 1912, als Schlick und Sand für den Westgrodendeich hier entnommen wurde. 

In den Dünen westlich des Ortes befinden sich eigenartige runde Wassertrichter, in denen sich  Regen-  bzw. Grundwasser gesammelt hat. Bombardierungen während des zweiten Weltkrieges haben hier eine ausgedehnte Kraterlandschaft hinterlassen. 

Die Brandseeschwalben sind inzwischen von Minsener Oog an die Ostspitze und in die Ostaußengroden von Wangerooge gezogen. Mit einem guten Fernglas können an der Ostspitze aus sicherem Abstand die Vögel beobachtet werden. In den Salzwiesen der Ostaußengroßen brüten Austernfischer, Rotschenkel, Wiesenpieper, Eiderenten, Brandseeschwalben und Möwen.

 

Am Weg zum ehemaligen Ostanleger steht die neue Strandbake von 1909. Dunkle Pfahlreihen in Richtung Osten bilden Reste des alten Ostanlegers. Dieses 1904 gebaute Anleger wurde 1958 wegen ständiger Versandung und Unterspülung aufgegeben.

 

Auf der Bootsfahrt nach Wangerooge passiert das Fährschiff die Seehundbänke. Aus nächster Nähe sind ca. 100 Seehunde auf der trockengefallenen Sandbank zu beobachten. Es lohnt sich ein Fernglas dabei zu haben.